ישיבת באר התורה הוקמה בשנת תשנ"ג בהוראתם של מרנן גדולי ישראל הגרא"מ שך זצ"ל והגרש"ז אויערבאך זצ"ל, אשר הדריכו את מורנו ראש הישיבה הגאון רבי גבריאל יוסף לוי שליט"א אודות תפקידה שליחותה וייעודה של הישיבה: לגדל תלמידי חכמים גדולים בתורה וביראה, המוכשרים להעביר את התורה כמסירתה לדור הבא. בעשרים ושמונה שנותיה העמידה הישיבה בחסדי שמים למעלה מ-1000 בוגרים, בהם מרביצי תורה חשובים וידועים, אברכים בני עליה, מזכי הרבים ובעלי משפחות הממשיכים ומוסרים לדורות הבאים את היסודות האיתנים והמטען הרוחני אשר קיבלו בישיבה.
בוגרי הישיבה מצטיינים במידת ההתבוננות, הישרות וההעמקה, דרך לימודם והנהגתם בנויה על היסודיות, האחריות והבהירות, וב"ה שמם הולך לפניהם ברחבי ארה"ק והתפוצות.
במשך שנים רבות לא זכתה הישיבה למשכן קבע משלה, ועקב כך הוכרחה לשלם סכומים גבוהים מדי חודש עבור שכירות. בסוף שנת תשע"ו זכתה הישיבה בחסדי שמים ובהשגחה פרטית מופלאה להקים את קרית הישיבה בעיר בית שמש.
עלות בניית קרית הישיבה היא כ-8.5 מיליון ש"ח, כאשר בחסדי השי"ת גוייסו 5 מיליון ש"ח בשרשרת מופלאה של הנהגה שמיימית גלויה.
הישיבה יוצאת כעת במגבית ע"מ לגייס כ-3 מיליון ש"ח ומעלה, על מנת לכסות את שארית התשלומים עבור הבנייה, ע"מ לאפשר את תפקודה התקין ולהעניק "צילותא דשמעתתא", יישוב הדעת ומנוחת הנפש לראש הישיבה, לרבניה ולהנהלתה.
מרן שר התורה הגר"ח קנייבסקי שליט"א האציל ברכה נדירה על התומכים במגבית זו: "שיהיה להם כח ללמוד".
מי לא יחפוץ להתברך בברכה מופלאה זו?